Тог 19. јула 1999. године на празник Св. Сисоја великог, отац Стефан је, видећи да хране у манастиру има мало да нахране народ који се ту склонио од најезде екстремиста ОВК, не јављајући се никоме узео колица и полако гурајући их изашао из манастира. Једна од монахиња је приметила да га нема и питала, где је отац Стефан, рекли су да је управо отишао у набавку са Вујадином Вујовићем, наставником који је са осталим Србима уточиште нашао у манастиру. Отац Стефан је отишао верујући да се ништа лоше не може десити, као Јагње Божије, мирно, да би нахранио ближње своје.
Отац Стефан и наставник Вујадин се нису вратили, а не знамо да ли су стигли у продавницу. Код прве куће десно од манастира, поред пута за село нађена су само преврнута колица, као једини траг да су туда пешке кренули. Да ли је ту у шуми била ОВК заседа или се нешто друго десило не знамо. Отац Стефан је нестао и његово тело, као и осталих Срба несталих и убијених тада у Клини и Истоку нису никада пронађени.
Свештеномучениче оче Стефане моли Бога за нас грешне!
